奇珍異種
●帝雉
●藍腹鷴
●臺灣黑熊
●長鬃山羊
●水鹿
●山羌
●菊池氏龜殼花
●高山鼠類
●瀕臨絕種保育類動物：
台灣狐蝠 台灣黑熊水獺 雲豹 臺灣獼猴 穿山甲 黃喉貂 棕簑貓 白鼻心 麝香貓 台灣水鹿 山羌 台灣長鬃山羊
●瀕臨絕種保育爬蟲類：
百步蛇 玳瑁 革龜 綠蠵龜 赤蠵龜 柴棺龜 食蛇龜 蘭嶼守宮 半葉趾蝎虎 雅美鱗趾蝎虎 蓬來草蜥 南台草蜥 台灣草蜥 雪山草蜥 台灣地蜥 台灣滑蜥 台灣蜓蜥 蛇蜥 台灣蛇蜥 台灣鈍頭蛇 標蛇 斯文豪氏遊蛇 台灣赤煉蛇 金絲蛇 紅竹蛇 高砂蛇 錦蛇 雨傘節 眼鏡蛇 帶紋赤蛇 環紋赤蛇 龜殼花 阿里山龜殼花 菊池氏龜殼花 鎖蛇
●瀕臨絕種保育兩生類：
台灣山椒魚 楚南氏山椒魚 台北樹蛙 翡翠樹蛙 莫氏樹蛙 褐樹蛙 黑蒙西氏小雨蛙 巴氏小雨蛙 史丹吉氏小雨蛙 台北赤蛙 虎皮蛙 貢德氏赤蛙
●瀕臨絕種保育類昆蟲：
寬尾鳳蝶 大紫蛺蝶 黃裳鳳蝶 霧社血斑天牛 台灣爺蟬 渡邊氏東方蠟蟬 無霸勾蜓 妖艷吉丁蟲 彩虹叩頭蟲 台灣長臂金龜 台灣大鍬形蟲 台灣食蝸步行蟲 台灣擬食蝸步行蟲 蘭嶼大葉螽蟴 津田氏大頭竹節蟲 高身鏟頜魚 櫻花鉤吻鮭 台東間爬岩鰍 埔里中華爬岩鰍 台灣鬥魚 鱸鰻